Pfaffenhofen: Von der ersten Nennung bis zum Hause Habsburg
Die Ursprünge des Ortes Pfaffenhofen lassen sich bis in die fränkische Zeit zurückverfolgen, als erste Wirtschaftshöfe durch Reichenauer Geistliche im Bereich des heutigen Ortskerns entstanden. Daraus leitet sich vermutlich der Name der Gemeinde ab, als „Hof der Pfaffen“. An der Stelle der heutigen Kirche St. Martin wurde damals wohl auch eine Kapelle erbaut.
Die erste urkundliche Erwähnung der Herrschaft Pfaffenhofen geht auf das Jahr 1303 zurück, als Graf Ulrich von Berg zu Schelklingen seine Besitzungen in Pfaffenhofen und Holzheim „um 700 Mark Silbers“ an Herzog Friedrich von Österreich veräußerte. Verkauft wurde auch eine Burg, so dass anzunehmen ist, dass im Kernort von Pfaffenhofen spätestens seit hochmittelalterlicher Zeit eine Burganlage existiert haben muss. Bis heute erinnert daran die symbolische Abbildung eines Burgturms im Wappen der Marktgemeinde.
Durch den Verkauf an Friedrich den Schönen ging Pfaffenhofen an die Habsburger über, die nun über Jahrhunderte hinweg, bis zum Ende des Heiligen Römischen Reiches und der Ausrufung des Königreichs Bayern im Jahr 1805, die Herrschaft immer wieder weitergaben, verliehen und verpfändeten. So war Pfaffenhofen Anfang bis Mitte des 14. Jahrhunderts in Besitz der Herren von Ellerbach (um 1325–1364), die zu jener Zeit im mittelschwäbischen Raum zu den wohl bedeutendsten Adelsgeschlechtern gehörten. Etwa um 1400 ging die Herrschaft an das Geschlecht von Freyberg. Auf Hans von Freyberg folgte bis 1444 Caspar von Freyberg. Anschließend wurde Hans vom Stein zu Ronsberg Besitzer der Herrschaft, die dann nur kurze Zeit später bis zum Jahr 1495 in Besitz des Ulmer Patriziergeschlechts Ehinger überging.
Von entscheidender Bedeutung für die weitere Entwicklung Pfaffenhofens war zweifelsohne die Verleihung der Gerichtsbarkeit und des Marktrechts im Jahre 1474. Urkundlich wurde der Tag der Verleihung auf den 28. Mai 1474 erwähnt. Hanns Ehinger beantragte seiner Zeit die Erlaubnis zur Durchführung von Markttagen in Pfaffenhofen und erhielt durch Kaiser Friedrich III. das Privileg, am St. Ulrichs- und am St. Otmarstag einen Markt sowie immer dienstags einen Wochenmarkt abzuhalten. In der Urkunde heißt es hierzu:
Friedrich III. bestätigt „auf Ansuchen des Hanns Ehinger zu Pfaffenhofen, Bürgers zu Ulm, der Herrschaft Pfaffenhofen die hohen Gerichte und erlaubt ihm (als neue Freyheit), im Dorfe Pfaffenhofen 2 Jahrmärkte (St. Ulrichstag und St. Otmarstag), jeden von 3 Tagen, und einen Wochenmarkt, alle Dienstag, zu halten. Pön 20 Mark Goldes.“
Die Herrschaft Pfaffenhofen wurde 1495 durch Hanns Ehinger an Herzog Georg von Bayern-Landshut („der Reiche“) verkauft. Herzog Georg hatte durch Erwerb verschiedener Herrschaften, etwa auch durch Zukauf der Herrschaft Weißenhorn, von Landshut ausgehend immer weiter nach Westen expandiert. Im Zuge des Verkaufs kam es in Pfaffenhofen zu Auseinandersetzungen zwischen Herzog Georg und dessen Rivalen Erhard von Königsegg, der am Ort eine Scheune anstecken ließ. Hierbei kam ein Einwohner Pfaffenhofens ums Leben.
Auch dem Hause Habsburg widerstrebten die Expansionsbemühungen Herzog Georgs. Als dieser im Dezember 1503 starb, ohne dass die männliche Erbfolge geregelt war, brach der Landshuter Erbfolgekrieg um die Vorherrschaft in Bayern und Schwaben aus. Der habsburgische König und spätere Kaiser Maximilian I. (1459–1519) erhob im Zuge dessen Anspruch auf die Gebiete an der Iller, so auch auf die Herrschaft Kirchberg-Weißenhorn und die Herrschaft Pfaffenhofen. Mit dem sogenannten „Kölner Spruch“ vom 30. Juli 1505 wurden die Gebietsabtretungen an das Haus Habsburg bestätigt. Zwischenzeitlich hatte Maximilian I. Pfaffenhofen an den Grafen Eitel Friedrich II. von Zollern verpfändet (1504–1507).
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